Ende là con trai của nhà họa sĩ siêu thực Edgar Ende và vợ của ông. Ende sống những năm đầu tiên tại München, đầu tiên trong quận Pasing và sau đó trong quận Schwabing. Từ năm 1940 Ende học trường phổ thông trung học Maximmilian (Maximiliansgymnasium). Ba năm sau đó trường bị di tản và cùng với chương trình gửi trẻ em về làng quê Ende đã trở về quê quán của ông.

Khi bị gọi đi "bảo vệ quê hương" chỉ vài tuần trước khi chiến tranh chấm dứt, ông đã đào ngũ và gia nhập tổ chức Hành động Tự do Bayern (Freiheitsaktion Bayern). Chỉ đến 1948 Ende mới có thể học xong phổ thông tại trường Waldorf tại Stuttgart. Ngay sau đó ông học trường Fackelberg cho đến năm 1950. Sau khi tốt nghiệp Ende làm việc cho nhiều nhà hát cho đến 1953, trong đó nhiều tháng tại nhà hát bang Schleswig-Holstein.

Trong thời gian này Ende đã viết lời cho nhiều cabarett chính trị. Giữa 1954 và 1962 ông cũng đã là nhà phê bình phim cho Đài phát thanh và truyền hình Bayern. Thế nhưng Ende không thành công với những tác phẩm ca kịch (thường là bi kịch) của riêng ông. Sau khi 12 nhà xuất bản từ chối bản thảo quyển "Jim Knopf und Lukas der Lokomotivführer" (Jim Knopf và Lukas người lái tàu hỏa) của ông, quyển sách văn học thiếu niên này được nhà xuất bản Thienemann phát hành và từ đó trở thành một thành công lớn.

Vì nhiều nhà phê bình phê phán là Ende đã "chạy trốn thế giới", đặc biệt là vì Jim Knopf, và hạ thấp ông như là một văn sĩ quèn cho trẻ em, Ende đã cùng vợ qua Ý và định cư tại phía nam của Roma, trong "Villa Gentano". Quyển tiểu thuyết mang tính cổ tích "Momo" của ông hình thành ở đấy. Qua việc cộng tác chặt chẽ với nhà soạn nhạc Mark Lothar, tác phẩm Libretto cho bản opera "Momo và kẻ cắp thời gian" đã ra đời. Buổi biểu diễn đầu tiên được tiến hành trong nhà hát tiểu bang Coburg. Năm Trong năm 1985, Ende cũng là một trong nhiều tác giả của kịch bản cho cuốn phim "Momo" do đạo diễn Peter Heusch thực hiện. Ende đã đóng một vai phụ nhỏ trong phim này.

Từ 1978 ông cộng tác với nhà soạn nhạc Wilfried Hiller. Nhiều tác phẩm ca kịch đã hình thành từ sự cộng tác này, như "Der Gogolori" năm 1985. Tác phẩm đầu tiên của Ende "Denn die Zeit drängt", một ca kịch về việc ném quả bom nguyên tử xuống thành phố Hiroshima, đã không được biểu diễn cũng như các ca kịch khác trước khi ông bắt đầu viết sách cho trẻ em.

Nhà văn Michael Ende mất vào ngày 28 tháng 8 năm 1995 lúc gần 66 tuổi tại Filderstadt-Bonlanden gần thành phố Stuttgart vì ung thư bao tử. Nơi an nghỉ cuối cùng của ông là nghĩa trang gần München. Viện lưu trữ văn học Đức (Deutsche Literaturarchiv) hiện quản lý di sản văn học của ông.